教材模組

教學目標

經由比對長序列之間的相似性，使用者可以推得各個序列的演化關係或是預測新序列可能的生化性質。本模組課程深入介紹BLAST比對演算法當中各個步驟的功能，並解釋如何利用硬體計算的方式來進行加速。

教材模組時數

9小時

教材模組

課程大綱

單元一：與長序列比對相關的生物資訊學背景 (3小時)

單元二：硬體比對加速平台的架構與電路設計 (3小時)

單元三：帶狀史密斯-沃特曼演算法加速器設計 (3小時)

可分享教材模組內容說明

單元一與單元二：投影片各30頁。

單元三：投影片20頁與範例測試資料。

所需實作平臺配備與經費需求預估(以模組教學實作所需基本軟、硬體平臺估算)

設備費(單價超過1萬元)

1. 基本軟硬體設備需求與參加教育部大學校院積體電路設計競賽相同。
2. 另使用FPGA開發板進行實作部分，小規模概念驗證可使用Terasic DE2進行，15,545元。

聯盟/示範教學實驗室可提供之訓練與技術支援

(含實驗示範影片)

1. 課程投影片、實驗教材
2. 辦理種子教師培訓營：1場次，時數：3小時
3. 智慧晶片系統與應用人才培育計畫官網：https://reurl.cc/Qjxzl9
4. ATP課程資料庫官網：http://atp.ee.ncku.edu.tw/

聯絡窗口

負責教師：國立臺灣大學電子工程學研究所盧奕璋教授

聯絡電話：02-33663700 ext 448

聯絡信箱：yiclu@ntu.edu.tw